Die Veterinärämter führen gesetzlich vorgeschriebene Kontrolluntersuchungen bei landwirtschaftlichen Nutztieren (z. B. Rindern, Schweinen, Pferden, Schafen, Ziegen, Geflügel, Bienen) sowie Aquakulturbetrieben durch. Dazu gehören auch Kontrollen von Märkten und Ausstellungen (z.B. Zuchtviehmärkte, Geflügelausstellungen).

Spezialkontrollen hinsichtlich der Einhaltung der Vorschriften in Bezug auf die Kennzeichnung und Registrierung von Rindern, Schweinen, Schafen und Ziegen werden durch die Veterinärbehörden in Form von Cross Compliance-Kontrollen durchgeführt.

Auch Wildtiere werden überwacht. Die Untersuchungen von Schwarzwild auf die klassische Schweinepest, Afrikanische Schweinepest und die Aujeszkysche Krankheit sind wichtige Bestandteile des Tierseuchenmonitorings von Wildschweinen. Auch bei anderen Wildtieren werden Untersuchungen durchgeführt(z. B. Tollwut bei Füchsen; Geflügelpest bei Wildwasservögeln).